丙型肝炎可引起肝硬化、消化道出血、肝衰竭及肝癌，是欧美国家肝移植的主要原因。目前，全球有超过1.7亿人感染丙型肝炎病毒（HCV），其中每年有超过10万例慢性丙型肝炎（chronichepatitisC,CHC）患者发展为肝癌，进而出现消化道出血及腹积液。HCV的高度变异性、泛嗜性、免疫耐受、免疫损伤等因素是导致HCV感染慢性化的重要原因。
丙型肝炎病毒(hepatitisCvirus，HCV)是单股正链RNA病毒，属黄病毒科丙型肝炎病毒属。全长约9．4kb，其序列为：b的5’非编码区(5’URT)，编码个氨基酸的长开放读框，约27b的3’非编码区(3’URT)。在病毒复制中，氨基端有三个蛋白(C、E1、E2／NS1)，羧基端有四个蛋白(NS2、NS3、NS4、NS5)。由于RNA复制酶的低保真性及缺乏校正功能，HCV呈高度异质性；不同地区不同患者，甚至同一患者在不同病程中HCV分离株，无论是核苷酸序列，还是氨基酸序列均有显著差异.
HCV基因分型方法
对HCV基因组的某些区域（E1、NS5B）直接进行序列分析和系统进化分析，是HCV分型的“金标准”。目前，针对HCV5′UTR区序列多态性进行基因分型的技术有以下几种：
1.限制性片段长度多态性（restrictionfragmentlengthpolymorphism,RFLP）即酶切分型：不同基因型HCVRNA的5′UTR序列具有高度的遗传保守性，由于基因的变异，该区的个别碱基排列不同，而产生的限制性内切酶的切点也发生变化，酶切后可得到不同cDNA片段，根据有无特异的酶切点及片段的长度，判断HCV基因型。操作过程繁琐，需明确酶切位点，才能确定最终型别。
2.基因型特异性引物扩增片段分型：根据不同HCV型在某一区段序列的差异，设计一系列特异性引物，不同型可扩增出不同的片段，并以此进行分型。这种方法对PCR引物的设计要求较高，要保证各型之间有较大差异，且每份样品需同时进行多次检测才能最终确定型别。
3.型特异性核酸探针杂交分型法：根据各型HCV某一区段的序列差异分别设计探针，与PCR产物杂交后进行PCR分型。目前在大多数实验室中使用的线探针（INNO-LiPA）杂交方法就是其中一种型特异性核酸杂交分型方法。
4.此外，还有一些方法用于HCV基因分型，例如Lareu等介绍了一种以SSCP为基础的基因分型方法，识别出1a、1b、2a、2b、2c、3和4基因型的独特性单链构象多态性。Livache等利用DNA芯片进行HCV基因分型。
HCV基因分型的临床意义
1.了解HCV型别进化、分布特征及探讨HCV传播途径：HCV基因型的研究为了解各型在进化中的出现和变化提供线索，也有助于了解全球丙型肝炎的流行病学情况。
2.预测病情：
在HCV感染的整个过程中，宿主内HCV的疾病表现有明显的生物学差异。基因型作为一个独立影响因子从病毒载量、酒精摄入量、HCV感染时程等其他共同影响因素密不可分。
3.预测治疗反应
目前大多数的研究认为HCV1b及1a基因型比HCV2型或3型对干扰素治疗的应答反应更差。这种差别在干扰素治疗的持续性应答方面经常出现，并且不受肝脏组织学特点或治疗前HCVRNA水平的影响。
4.有助于疫苗的研究
不同HCV型的抗原决定簇常有较大的差异，因此有效的HCV疫苗应该能针对所有HCV基因型和亚型。而目前采用PCR法扩增某一基因型的HCV基因片段作为疫苗候选抗原，难以对其他型或亚型提供交叉保护作用。而针对HCV表达产物中的高度保守免疫性表位的疫苗则有望获得良好的免疫效果和保护性。
综上所述，分子学诊断技术检测HCV-RNA更是重要的辅助手段，准确分型对丙型肝炎的预测和治疗具有重要的指导意义。反向杂交技术可同时检测不同类型的HCV病毒，相信不久的将来，基因芯片技术可同时检测更多类型的HCV病毒及其变异。HCV病毒的准确分型可助于更有效的进行丙型肝炎的临床诊断，以及结合基因型进行有效的个体化治疗，真正实现指导用药的作用。
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