不是所有感染了乙型肝炎病毒的人都需要治疗。成人急性乙型肝炎病毒感染95%都会自动把病毒清除而自愈，因此只需要对症治疗。但是，幼儿感染慢性乙型肝炎病毒常常因为免疫系统无法“战胜”病毒，而发展为慢性感染者。
慢性乙型肝炎病毒感染者的自然发展史一般分为四期。幼年时因机体的免疫系统尚未完全发育，不能识别或清除乙型肝炎病毒，并与乙型肝炎病毒“和平共处”。表现为病毒复制活跃，e抗原阳性，但肝功能正常，被称为“免疫耐受期”。在这一阶段由于免疫系统没有和乙型肝炎病毒“作战”的积极性，肝损害不明显，而且治疗效果不好，所以暂不需要治疗，但需要定期复查。
随着年龄的增长，机体免疫系统终于能够“识别”出乙型肝炎病毒了，开始对藏在肝细胞内的病毒发动免疫“战争”，造成肝细胞破坏，出现肝功能异常，被称为“免疫清除期”。这一阶段是我国《慢性乙型肝炎防治指南》中认为的治疗时机。
经过治疗或免疫系统对病毒的作用，乙型肝炎病毒不得停止复制，e抗原也消失了，e抗体出现，成为乙型肝炎“小三阳”状态，被称为“非活动或低(非)复制期”。这一阶段病情稳定，肝脏损害逐渐修复，肝功能恢复正常，因此不需要治疗。
但是，乙型肝炎病毒有时并不甘心暂时的失利，只要遇到时机，就会逃避免疫系统的监督，变成没有e抗原的乙型肝炎病毒，“东山再起”，再度复制，对免疫系统发生“反击”，被称为“再活动期”。这一阶段感染者的肝损害再次出现，肝功能异常，因此也是我国《慢性乙型肝炎防治指南》中认为的治疗时机。
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